Molekulární diagnostika alergie dává přesnější pohled na IgE senzibilizaci ve srovnání s pohledem založeným na diagnostice extraktové. Pro spolehlivé určení alergenu relevantního pro daného pacienta, včetně event. indikace alergenové imunoterapie, se jeví jako důležitá pozitivita na molekuly, které jsou druhově specifickými markery.
V oblasti inhalačních alergenů se jedná např. o Phl p 1 a Phl p 5 pro pyly trav, Bet v 1 pro pyly břízovitých stromů, Der p 1 a Der p 2 pro roztoče, Alt a 1 pro Alternarii, Fel d 1 pro kočku, Can f 1 a Can f 5 pro psa atd.