Metodika popisuje přesné pokyny k monitoringu 3 druhů lišejníků (Bryoria bicolor, Bunodophoron melanocarpum, Sphaerophorus fragilis), které se vyskytují primárně na mechatých skalách a v sutích, pro druh Solorina saccata, který na našem území roste nejčastěji v severně orientovaných puklinách vápencových či bázemi obohacených skal, a pro Physconia muscigena v případě skalního výskytu. Pro každý z těchto druhů byla na základě revize herbářového materiálu, excerpce literatury a terénního ověření části lokalit vytvořena samostatná mapa recentního a historického rozšíření.
Ke každému druhu byla vypracována samostatná karta obsahující informace o biologii, ekologii, rozšíření a ohrožení konkrétního druhu. Karty druhů byly připojeny k metodice.
Metodika dále obsahuje formuláře, do nichž je doporučeno data z monitoringu zaznamenávat.