Základním cílem léčby idiopatických střevních zánětů je odstranění symptomů (léčba indukční) a definitivním cílem je zachování remise (léčba udržovací). Pro indukční léčbu jsou užívány léky s rychlým nástupem účinku, kam patří aminosalicyláty, kortikosteroidy a biologické léky.
Pro udržovací léčbu jsou užívány aminosalicyláty, imunosupresiva a biologické léky.