Gastrointestinální motilita a její vliv na clearance luminálního obsahu trávicím traktem lze diagnostikovat různými vyšetřovacími modalitami. V klinické praxi je jednou z nejdůležitějších diagnostických metod manometrie, a to zejména v detekci ezofageálních a anorektálních poruch.
Také radiografick é metody poruch motility gastrointestinálního traktu jsou cenným diagnostickým nástrojem. Scintigrafie je stále standardem pro hodnocení žaludečního vyprazdňování, 13C dechové testy jsou její alternativou.
Mnoho jiných technik se používá především v rámci vědeckého výzkumu, nicméně některé vybrané metody mohou být začleněny do standardní diagnostiky poruch motility GIT.