Doporučený postup Společnosti infekčního lékařství České lékařské společnosti J. E.
Purkyně. Klostridiová kolitida (CDI, Clostridium difficile infection) je nejčastější a všeobecně uznávanou diagnózou, která lékaře opravňuje k použití FMT.
Indikací k podání FMT jsou formy nemoci, u nichž předpokládáme těžkou dysmikrobii, tj. především rekurentní CDI. Většina literárních autorit včetně autorů evropského konsensu doporučuje podávat FMT po druhé rekurenci, tj. po třetí atace CDI; hlavním důvodem jejich stanoviska je nedostatek dat dokladujících přínos FMT již po první rekurenci.
Studií prokazujících význam časné FMT však v poslední době přibývá a je známo, že již po první rekurenci se riziko dalších rekurencí významně zvyšuje. Autoři tohoto doporučeného postupu se na základě těchto argumentů i na základě vlastní zkušenosti shodují v názoru, že FMT je vhodné podávat již po první rekurenci, čili po druhé atace CDI.