Bezprostředně po založení nezávislého československého státu vznikla řada naléhavých úkolů pro vojenskou zdravotní péči. Po návratu vojáků z bojišť první světové války musela být lékařsky zajištěna léčba zraněných a nemocných.
Zvláštní význam měl boj proti infekčním chorobám. Nedostatek léků byl hlavním problémem, protože hlavní sklad vojenské lékárny zůstal ve Vídni.
To právě ilustruje problémy způsobené rozpadem Rakouska-Uherska. Včasnou pomoc při poskytování zdravotnických potřeb poskytla italská a francouzská vojenská mise a americký Červený kříž.
Současně bylo nutné poskytovat zdravotnické služby vojenským jednotkám chránícím celistvost území nového československého státu. Zejména válka proti Maďarsku na jaře 1919 si vynutila mnoho improvizací.
Důležitou roli v péči o raněné a jejich odstranění z bojiště zajišťovaly železniční sanitní transporty. Teprve v září 1919 mohlo dojít k demobilizaci a vstoupila v platnost nová organizace armády a její zdravotnické služby.