Antibiotická rezistence dnes představuje globální problém zdravotnictví. Nejenže se zvyšuje incidence onemocnění vyvolaných rezistentními patogenními kmeny bakterií, ale také neúměrně stoupají náklady na léčbu, prodlužuje se doba hospitalizace a nezřídka narůstá i úmrtnost.
Proto je třeba při indikaci antibiotické terapie mít stále na paměti, že nadužívání, či zneužívání antibiotik přispívá k šíření genů, jež antibiotickou rezistenci kódují. Stejně tak to platí pro aplikace antibiotik ve veterinární medicíně, zemědělství včetně akvakultur nebo v potravinářském průmyslu.
Genetická informace se zejména u prokaryot přenáší také horizontálně (laterálně), přímou výměnou genetického materiálu přes druhové bariéry. U nich je výměna genů nebo celých genových úseků horizontálním přenosem zcela běžná.
Mohou tak dynamicky a v relativně krátkém čase vznikat vysoce rozmanité genomy, což vertikální přenos neumožňuje. Díky tomu mohou prokaryota rychle nabývat nové vlastnosti včetně virulence a patogenity, a také rezistence na toxiny včetně antibiotik, které zvyšují jejich adaptabilitu.
Proto jsou reinfekce rezistentními mikroorganismy vždy obtížněji léčitelné než infekce vyvolané nerezistentními bakteriemi.