Většina tělních oddílů, především trávicí trakt, kůže, dýchací, rozmnožovací a močová soustava, je za normálních okolností osídlena složitými mikrobiálními společenstvími, která označujeme jako mikrobiota. Nejvíce informací máme o mikrobiotě osídlující trávicí trubici.
Osídlovací vzory v trávicí trubici získáváme v časném období života, především kojeneckém, a udržujeme si je za normálních podmínek po zbytek života. Fyziologická střevní mikrobiota určuje individuální charakteristiky slizniční a systémové imunity.
Narušení střevní mikrobioty vede k tzv. dysbióze s rozsáhlými negativními dopady na fyziologii člověka. Nově jsou prokazovány zásadní souvislosti mezi střevní mikrobiotou a CNS.
Zatímco normální osídlovací vzory podporují optimální vývoj mozkových struktur, zajišťují pro ně z části energii a působí homeostaticky na zánětlivé procesy, dysbióza má za následek abnormální polarizaci T lymfocytárních subsetů. Výsledkem je rozvoj a postup poškozujícího zánětu, který může být součástí patofyziologických procesů vedoucích k RS.
Střevní mikrobiota může být pozitivně ovlivněna prostřednictvím stravy bohaté na prebiotické oligosacharidy, probiotika a postbiotika. Touto cestou lze ovlivnit poškozující zánět u nemocných s RS, jak je prokázáno na zvířecích modelech.
Výsledky klinických pokusů, které mají ověřit význam transplantace fekální mikrobioty u nemocných s RS, lze očekávat v blízké budoucnosti.