Každý jedinec žije v úzkém společenství s mikroorganizmy, které osidlují všechny epitelové povrchy sliznic a kůže. Stále rostoucí množství nových poznatků o významu komenzálních mikrobů pro zdraví vyvolává velký zájem o mikro-biotu napříč lékařskými obory.
Mikrobiota, zejména střevní, hraje klíčovou roli ve vývoji a fungování řady fyziologických mechanizmů, zejména imunitních. Mikrobiota vytváří s hostitelem symbiotický vztah: podmiňuje imunologickou rovnováhu, umožňuje efektivní imunitní reakce a brání kolonizaci patogenními mikroorganizmy.
Alterace vzájemného vztahu mikrobioty a hostitele (dysbióza) vede k vývoji zánětlivých, autoimunitních i nádorových chorob. Pro medicínu budoucnosti se nyní otevírají nové mo žnosti: ovlivnit složení a funkci mikrobioty i její interakce nejen změnou životního stylu a způsobu stravování, ale i přímo, probiotiky nebo přenosem fekální mikrobioty.