Purkyňova knihovna patřila ve své době k největším svého druhu. Knihy Purkyně shromažďoval od studijních let až do smrti.
Soupis jeho knihovny je dochován v Archivu hlavního města Prahy v pozůstalostním řízení. Uvádí 5 512 titulů knih a časopisů a 8 626 svazků z různých oborů.
Ani v našich zemích, ani v zahraničí se nepodařilo najít kupce, který by ji odkoupil jako vzácný celek. Byla proto prodána do antikvariátu.