Vedle ochrany před patogeny mají imunoglobuliny také významný imunomodulační účinek, který zahrnuje širokou škálu imunitních mechanismů od vrozené po adaptivní imunitu. Jejich podání je tedy indikováno nejen u pacientů s primárními imunodeficiencemi a narušenou tvorbou protilátek, ale i u celého spektra autoimunitních chorob, jako jsou systémová onemocnění pojiva, autoimunitní cytopenie či zánětlivá onemocnění postihující nervový systém.
U většiny z těchto chorob jsou obvykle indikovány vysokodávkované intravenózní imunoglobuliny. Nově se ale objevují důkazy také pro použití imunoglobulinů k subkutánnímu podání u některých z těchto diagnóz.
V následujícím přehledu uvádíme souhrn poznatků a novinek, které se týkají využití imunoglobulinů v terapii autoimunitních chorob.