V posledních letech je stále více zdůrazňována role centrálních cirkadiánních hodin ve vzniku řady psychiatrických onemocnění. Bývá dávána do souvislosti především s onemocněními vykazujícími změny nálad a spánkových rytmů, které souvis í se změněným funkčním stavem cirkadiánního systému a jsou nejčastěji sledované u pacientů s některými typy afektivních poruch nebo u schizofrenních pacientů.
U většiny těchto onemocnění dochází k narušení pravidelného nástupu spánku, jeho nestabilitě nebo změně spánkové architektury a snížení schopnosti synchronizace rytmu spánku a bdění s vnějšími podmínkami. Propojení těchto onemocnění s funkčním stavem cirkadiánních hodin je od objevu molekulárního hodinového mechanismu potvrzují studie sledující molekulární markery hodin.
Díky pokročilým molekulárním metodám dokážeme získat přesné informace o endogenním stavu cirkadiánního systému, který dynamicky reaguje na změny vnějšího prostředí. Je citlivý na změny světelných podmínek, reaguje ale i na stres nebo příjem potravy.
Zdá se, že tyto faktory mohou i dlouhodobě ovlivnit a měnit chod hodin. V poslední době se uvažuje o tom, že tyto dlouhodobé změny mohou být způsobeny epigenetickými modifikacemi DNA a histonů v oblastech kódujících proteiny podmiňující chod hodin.
Na významu tak nabývají i studie epigenetických modifikací molekulárního mechanismu cirkadiánního systému. Rozvoj psychiatrických onemocnění často nebývá determinován pouze geneticky, ale mnohdy souvisí právě se stresem nebo výživou.
Neuroanatomické studie ukázaly, že cirkadiánní hodiny v suprachiazmatických jádrech hypotalamu přímo ovlivňují mnoho oblastí mozku, včetně amygdaly, prefrontální kůry a oblastí hypotalamu regulujících spánek. Přesto role cirkadiánního systému ve vzniku a průběhu psychiatrických onemocnění není dosud zcela objasněna.
Behaviorální výstupní rytmy jeho roli sice naznačují, avšak chybějí jednoznačné důkazy na úrovni molekulárních markerů, genetické variability a epigenetických modifikací.