Hlavním cílem doporučeného postupu je formulovat profesionální konsensus sexuologické péče o transsexuální pacienty. Standardy péče o tyto pacienty z hlediska psychologického, sociálního, psychiatrického, endokrinologického a chirurgického by pak měly být předmětem doporučených postupů dle uvedených specializací.
Společným cílem komplexní terapie je dosažení zlepšení kvality života transsexuálních jedinců a jejich uspokojivé zařazení do společnosti.