Před založením Univerzity Karlovy museli zájemci o medicínu z Čech studovat v zahraničí. Po jejím založení r. 1348 byla lékařská fakulta součástí univerzity.
Jejím úkolem bylo jak vzdělávání lékařů, tak i dohled nad profesemi, které zdravotnickou činnost vykonávaly (ranhojiči, lékárníci atd.). První písemný záznam o lékařské fakultě je z r. 1382 a její sídlo bylo v dnešní Kaprově ulici.