Prohlásit některý druh houby za vyhynulý je ošemetné. Překvapivé nálezy plodnic druhů, které nebyly na určitém území nalezeny po několik desítek let, ukazují, že není vůbec snadné určit, kdy už m ůžeme některý z druhů takto označit.
Z toho důvodu se v oficiálních dokumentech typu červený seznam nehovoří o vyhynulých druzích hub, ale používá se označení ne - zvěstné. O situaci u makromycetů (hub s velkými plodnicemi) pojednává samostatný článek (na str. 232-234), v tomto příspěvku se podíváme na mikroskopické houby, u kterých je situace ještě složitější.
Tyto houby většinu života rostou skrytě v substrátu, a když už vytvářejí plodnice nebo jiné struktury se sporami, jsou mikro - skopické - menší než 2 mm - čili obtížně nalezitelné (některé jen zkušeným mykologem s terénní lupou) a určitelné podle morfologických znaků až pod mikroskopem, případně v kombinaci smolekulární - mi daty. Mají samozřejmě také své nároky na klimatické (či spíše mikroklimatické) podmínky prostředí a zdroje živin v substrátu, soupeří (kompetují) s ostatními organismy, a tudíž mohou při velkých změnách z daného prostředí zcela vymizet.
Máme o nich ale daleko méně záznamů pozorování než u makromycetů, takže můžeme o jejich vyhynutí hovořit spíše v obecné rovině.