Johannes Kepler zanechal nesmazatelnou stopu v intelektuálním prostředí rudolfínské Prahy. Zde publikoval svá stěžejní díla: Astronomia Nova a Dioptrice.
Setkává se zde s celou řadou osobností jako Petr Vok z Rožmberka, Martin Bacháček z Neuměřic, Václav Budovec z Budova, Jan Jesenius. Nelze nezmínit dánského astronoma Tycho Brahe, pro nějž Kepler pracoval.
V Praze Kepler formuluje dva ze svých tří kinematických zákonů pohybu planet. Ve svém spise Astronomia Nova se Kepler věnuje argumentaci geocentriků, kteří pro svůj postoj hledali v biblických textech.
Kepler se proti tomu vymezuje a svůj heliocentrický názor obhajuje d ůkladnou analýzou toho, co považuje za dobové vyjadřování v textech biblických autorů. Kepler je přesvědčen - a text v knize Nová astronomie tuto tezi podporuje - že Bůh stvořil svět tak, aby kosmos byl poznatelný a srozumitelný.
Je to důvěra ve Stvořitele, že jeho geometrický plán pohybu sluneční soustavy je dostupný světlem rozumu. Kepler věřil, že objevil část Božího plánu, který obsahuje matematicky definovanou strukturu kosmu.
Představa přírodních zákonů jako principů pohybů kosmických těles pak hrála další úlohu v sekularizaci a emancipaci přírodních věd od jejich filozofických a teologických kořenů, které od 17. století dále přestávají mít nosnou roli epistemologického a metafyzického základu přírodních věd .