Fekální mikrobiální terapie představuje efektivní nástroj opravy alterované střevní mikrobioty. Hlavní a jedinou všeobecně uznávanou indikací je v současné době rekurentní a refrakterní infekce Clostridioides difficile s přesvědčivými léčebnými výsledky.
Mezi perspektivní indikace řad íme ulcerózní kolitidu a syndrom dráždivého tračníku. Metoda napomáhá obnově intestinální homeostázy pacientů s metabolickými, psychiatrickými, neurologickými, endokrinologickými, autoimunitními a dalšími onemocněními. Úkolem je zajistit bezpečnost léčby a adekvátní výběr dárce stolice.
Trendem jsou dárcovské banky.