K nejčastějším nežádoucím účinkům farmakologického ukončení těhotenství patří bolest břicha, nadměrné vaginální krvácení a gastrointestinální obtíže, jako nauzea, zvracení, průjem. Komplikace farmakologického ukončení těhotenství jsou vzácné, zahrnují těžké krvácení, infekci, neúplný potrat, pokračující těhotenství nebo nerozpoznané mimoděložní těhotenství.
Existují i případy sepse po farmakologickém ukončení těhotenství.