Obdobně jako u testikulárních tumorů se i u penilních a skrotálních neoplazií zásadní změny udály ve WHO klasifikaci 2016. V této klasifikaci bylo zavedeno členění dlaždicobuněčných karcinomů do dvou hlavních skupin, na HPV - asociované a HPV - independentní.
To zůstává nezměněno ve WHO klasifikaci 2022. Navíc přibyla kategorie dlaždicobuněčné karcinomy NOS, pro případy, u nichž se nepodaří určit HPV status.
Nová WHO klasifikace již samostatně nerozpoznává jednotlivé varianty dla ždicobuněčných karcinomů (bazaloidní, papilárně bazaloidní, bradavičnatý (warty), bradavičnatě-bazaloidní, světlobuněčný a lymphoepithelioma-like karcinom jako varianty HPV-asociovaných tumorů a dlaždicobuněčný karcinom obvyklého typu, pseudohyperplastický, pseudoglandulární, verukózní karcinom, carcinoma cunniculatum, papilární, adenoskvamózní, sarkomatoidní a smíšený karcinom jako varianty HPV - independentních karcinomů). Tyto morfologické varianty se nyní nazývají subtypy.
Některé subtypy byly zařazeny do morfologického spektra jiných subtypů. Bazaloidně-papilární subtyp nyní patří do skupiny bazaloidního dlaždicobuněčného karcinomu, bradavičnatě-bazaloidní subtyp do skupiny bradavičnatého karcinomu a carcinoma cunniculatum se nyní uznává jako součást morfologického spektra verukózního karcinomu.
Pseudohyperplastický a smíšený subtyp byl z klasifikace eliminován. Adenoskvamózní karcinom je nyní nazýván adenoskvamózní a mukoepidermoidní karcinom a je uznáván jako samostatná jednotka.
Rovněž prekurzorové dlaždicobuněčné léze prošly výraznými změnami ve WHO klasifikaci 2016 a v současné klasifikaci zůstávají nezměněny. Terminologie pro HPV-indukované léze byla unifikovaná na low grade skvamózní intraepiteliální léze (LSIL) a high grade skvamózní intraepiteliální léze (HSIL).
Toto dělení platí pro HPV - indukované léze celé anogenitální oblasti, tj. penisu, anu, perianu, vulvy, vaginy a děložního cervixu. LSIL se dále subtypizuje na condyloma accuminatum a (penilní) intraepiteliální neoplazii 1. stupně (PeIN1), HSIL se dále dělí na PeIN2 a PeIN3.
HPV-independentní prekurzorové léze se na penisu nazývají diferencované penilní intraepiteliální neoplazie (dPeIN) a jsou identické obdobným lézím na vulvě (dVIN).