V Českém krasu vedly stopovací zkoušky jen k několika málo pozitivním výsledkům, a to na malém území mezi Ponorem Arnika a Svatým Janem pod Skalou. Ve zbytku území nejsou směry a rychlosti proudění Podzemní vody známé.
V roce 2021 bylo provedeno 5 stopovacích zkoušek s fluoresceinem, převážně za vysokých vodních stavů z ponorů Bubovického potoka pod Bubovicemi. Stopovač byl opakovaně detekován ve dvou velkých pramenech v údol í potoka Loděnice: v prameni V nivě a v prameni ve Svatém Janu pod Skalou.
První objevení stopovače bylo po 27 až 38 hodinách do prvního z nich. a po 50 hodinách do druhého z nich. To znamená překvapivě rychlé proudě ní podzemním vody, neboť voda musí podtéct mocný sled vrstev nepropustné klastické výplně Holyňsko- -Hostimské synklinály, asi 2 km v přímé horizontální vzdálenosti.
Stopovací zkouška prokázala vysokou rychlost proudění a relativně malý průtočný profil krasových kanálů, které pravděpodobně zasahují 400 m pod povrch země a 200 m pod hladinu podzemní vody. Stopovací zkouška potvrdila předpoklad. že voda z horního toku Bubovického potoka, který má zápornou hydrologickou bilanci, odtéká z orografického povodí Bubovic.
To, spolu se zvýšeným množstvím zasakující vody v ponorech v posledních letech vysvětluje. neobvykle nízké vodní stavy na Bubovických vodopádech, dále po toku. Návratnost stopovače byla pouze 10-20 %, zbytek stopovače dorazil bud do skrytých pramenů v Berounce, nebo byl spíše zachycen v náplavech Bubovického potoka a zředěn pod mez detekce. Stopovací testy by měly být provedeny i u dalších ponorů, aby byla hydrogeologie Českého krasu lépe poznána.