Martin7 - referenční databáze pro spolehlivou DNA identifikaci evropských epifytických lišejníků a její taxonomický přínos
Abstrakt
Identifikace organismů pomocí DNA sekvencí je dnes běžnou praxí a stále častěji se druhy identifikují z environmentálních vzorků (tj. ze směsného biologického materiálu obsahujícího často velké mno žství nejrůznějších organismů). U většiny organismů však stále postrádáme komplexní referenční DNA databáze, které by umožnily identifikovat získané sekvence. Vytvořili jsme referenční databázi pro přesnou molekulární identifikaci epifytických lišejníků (mykobiontů) střední Evropy. Naše databáze s názvem Martin7 zahrnuje sekvence nejčastějších lišejníkových "DNA barkódů", jaderný úsek ITS nrDNA (ITS) a mitochondriální SSU (mtSSU).
Pomocí Sangerova sekvenování a NGS (PacBio) jsme získali 907 sekvencí ITS od 603 druhů a 844 sekvencí mtSSU od 546 druhů a doplnili jsme náš soubor dat o sekvence z dalších spolehlivých zdrojů. Celkem je v databázi zahrnuto 1172 druhů, 1004 pro ITS a 906 pro mtSSU. ITS bylo nově sekvenováno u 224 druhů a mtSSU u 234 druhů. DNA sekvence byly zcela nově získány pro 45 rodů. Ve většině případů tyto barkódy umožňují rozlišit druhy tak, jak jsou v současné době vymezeny, ale zjistili jsme 82 skupin nebo dvojic druhů, kde alespoň jeden z barkódů (většinou mtSSU) jednoznačně nerozlišuje morfologicky rozlišované druhy. V rámci 37 tradičně morfologicky pojatých druhů jsme odhalili přítomnost odlišných genotypů, které v některých případech představují kryptické taxony. Sekvenováním fenotypově neidentifikovatelných lišejníků jsme prokázali existenci mnoha předpokládaných nepopsaných druhů, zejména v rodech Bacidina a Micarea. Nově bylo popsáno pět druhů sorediózních korovitých lišejníků z rodů Bacidina (2 druhy), Chrysothrix, Japewia a Lecanora.
Uvádíme řadu taxonomických novinek, např. že Lecidea betulicola a L. coriacea jsou teleomorfy rodu Cheiromycina a Dictyocatenulata je anamorfou rodu Thelenella. Název databázeMartin7 je odvozen od druhého jména Karla Martina Redingera, významného rakouského lichenologa, který zemřel v roce 1940 ve věku 33 let a během sedmi let vytvořil významná lichenologická díla. Například jeho monografie Arthoniaceae, vydaná v roce 1937, je dodnes nepřekonána.