Psychoanalýza se primárně zabývá zkoumáním jednotlivých případů, v odborné kritické debatě psychoanalytici systematizují své poznatky z psychoanalytických sesí probíhajících několikrát týdně za určitých jasně nadefinovaných podmínek. I přesto se filosof vědy Karl Popper domníval že, freudovská psychoanalýza je nevědecká, poněvadž její poznatky není možn é vyvrátit.
Vůči tomu se později vymezil další významný filosof vědy, Adolf Grünbaum, podle něhož není možno opomenout fakt, že Freud odstoupil od některých svých pů- vodních hypotéz, které se v jeho pozděj- ší klinické praxi nepotvrdily (např. teorie svedení). Podle Grünbauma je klasická psychoanalýza nevědecká spíše kvůli Freudovu předpokladu, že vhled do nevědomých procesů je nezbytnou podmínkou vyléčení se z neurózy.
Mezi post-freudiánskými psychoanalytiky lze najít mnoho různých názorů na otázku epistemologických zá- kladů psychoanalýzy. Někteří z nich přirovnávají psychoanalytickou metodu k metodám užívaným v přírodních vědách.
Podle některých je možné najít mnoho paralel mezi psychoanalýzou a teorií nelineárních dynamických systémů. Podle jiných se jedná o zvláštní druh hermeneutiky.