Mastné kyseliny (MK) mají v mozku řadu různých funkcí. Jsou složkami membrán, kde regulují membránovou fluidity a permeabilitu, tvorbu vezikul a jejich transport, buněčnou integritu a neuroplasticitu.
Za určitých podmínek mohou být využity i jako zdroj energie (oxidace MK). V centrálním (CNS) i periferním nervovém systému jsou MK nezbytným i substráty pro syntézu slou čenin, jako jsou např. cerebrosidy, gangliosidy aj. a také pro lipidovou modifikaci strukturních a signálních proteinu. Řada MK a jejich metabolitu v mozku působí protizánětlivě a neuroprotektivně.
Matné kyseliny zahrnují širokou škálu molekul, a proto i spektrum jejich účinku ve vztahu k mozku a jeho funkcím je pestré. Mastné kyseliny se z krevního oběhu do mozku dostávají buď pasivní difuzí nebo s pomocí různých transportérů (FATP - fatty acid transport protein, translokáza FAT/CD36 a FABP - fatty acid binding proteins), které jsou exprimovány v mozkových endoteliích, vystýlajících stěny cév.
Nasycené a mononenasycené mastné kyseliny mohou být také v mozku syntezovány de novo, zatímco polynenasycené mastné kyseliny (PUFA) se do CNS dostávají převážně z krevního oběhu. Mozková tkáň je sice vybavena enzymy, potřebné k tvorbě PUFA, ovšem přísun z oběhu je kvantitativně významnější.