Jednu z důležitých a rozsáhlých oblastí biofyzikálního výzkumu představuje sledování tvorby specifických komplexů mezi biomolekulami, případně mezi biomolekulami a syntetickými molekulami cíleně připravenými jako molekulární značky, strukturní sondy, nebo aktivátory či supresory biochemických reakcí. Látky posledního typu jsou často uvažované i jako nové typy chemoterapeutik.
Charakteristickým prvkem v této oblasti výzkumu v posledních letech je snaha rozšíření používaných experimentálních technik na metody, které umožní získat detailnější informace o tvorbě těchto komplexů.