V posledních desetiletích je velká pozornost věnována nově se objevujícím nákazám, pro které se vžilo označení 'emerging infectious diseases'. Mezi tyto infekce například patří západonilská horečka.
Rovněž sem řadíme hantavirové infekce s přírodní ohniskovostí mezi hlodavci a výskytem i v Evropě, včetně České republiky. V devadesátých letech minulého století se také objevily viry Hendra a Nipah, způsobující u lidí především encefalitidy.
Nejtypičtějším příkladem nových vysoce nebezpečných mikroorganismu jsou viry Marburg a Ebola. Patří k nejsmrtelnějším agens, s nimiž se lidstvo střetlo.
Novým fenoménem jsou i SARS a aviární influenza.