V posledních desetiletích je velká pozornost věnována nově se objevujícím nákazám, pro které se vžilo označení 'emerging infectious diseases'. Mezi tyto infekce například patří západonilská horečka.
Rovn ěž sem řadíme hantavirové infekce s přírodní ohniskovostí mezi hlodavci a výskytem i v Evropě, včetně České republiky. V devadesátých letech minulého století se také objevily viry Hendra a Nipah, způsobující u lidí především encefalitidy.
Nejtypičtějším příkladem nových vysoce nebezpečných mikroorganismu jsou viry Marburg a Ebola. Patří k nejsmrtelnějším agens, s nimiž se lidstvo střetlo.
Novým fenoménem jsou i SARS a aviární influenza.