Rutinní využití molekulárně biologických technik v mikrobiologické diagnostice vyžaduje zvýšenou pozornost kontroly kvality prováděných metod. Kontrola kvality molekulárně biologických metod se skládá z vnitřní kontroly kvality- VKK(pozitivní, negativní a inhibiční kontrola) a externí hodnocení kvality - EHK.
Proe externí kontrolu patogenů lze využít program QCMD- Quality Control for Molecular Diagnostcs, nebo mezilaboratorní kontrolní cykly organizované anglickou společností UK NEQAS.