Statistický odhad vzájemného pořadí podobnosti/nepodobnosti chování proteinů v čase je hlavním účelem programového systému MIAPS. Zároveň je provedeno porovnání s až dosud nejvíce užívanou metodou korespondenční analýzy (CA).
Jako data jsou požadovány časové řady 2?DE map. Systém MIAPS je dostupný na adresách http://www.lfhk.cuni.cz/knizekj/ a http://www.utia.cas.cz/user_data/sindelar/miaps.htm.