Mikroorganismy patogenní pro člověka představují pouze nepatrnou část společenství mikrobů. Současné spektrum mikrobiálních patogenů člověka je výsledkem dlouhodobé koexistence, jejíž kořeny je nutno hledat v neolitické revoluci, charakterizované přechodem k zemědělství, domestikací zvířat a usedlým způsobem života.
Většina mikrobů patogenních pro člověka má původ v domestikovaných zvířatech. Přirozená imunita identifikuje molekulové vzory asociované s patogenními mikroorganismy (PAMP) pomocí rozmanitých membránových a solubilních receptorů PPR a indukuje imunitní odpověď.
Specifické složky imunity chrání člověka při opakovaném podnětu stejným agens.Expozice patogenním i nepatogenním mikroorganismům představuje hlavní evoluční selekční mechanismus pro člověka.