Papilární karcinom je nejčastějším karcinomem štítné žlázy (80-85 %). Pro jeho vznik je důležitá aktivace několika genů.
K hlavním genetickým změnám patří přeskupení vzniklá fuzí genů kódujících tyrozinkinázy (RET proto-onkogen a NTRK1 proto-onkogen)s jinými geny, somatická mutace v BRAF genu a zvýšená amplifikace met proto-onkogenu. V menší míře se účastní také další geny - PTEN, RAS, TP53 a AKAP9.
Identifikace těchto specifických genetických změn může přispět ke zpřesněn í diagnózy z biopsie tenkou jehlou ještě před operací pacienta, k objasnění vzniku karcinomu a určení prognózy onemocnění.