V poslední době rostla exponenciálně velikost proteinových databází, čímž se metody určené pro vyhledávání v těchto databázích stali neefektivními. V této práci se soustředíme na podobnostní vyhledávání na úrovni proteinové sekvence a struktury.
Na obou úrovních navrhujeme vylepšení stávajících metod a metody nové za účelem práce s proteiny z pohledu podobnosti.