Dotazování je hlavní problém při zpracování ontologií. Úkol je nalézt všechna individua a, která splňují C(a) pro nějaký koncept C. Navrhujeme upravení ontologie, které urychlí dotazy pro podmnožinu jazyka OWL.
Převádíme koncepty na výrazy relační algebry a ty pak do SQL nad databází vytvořenou z původní ontologie. Převod ontologie do databáze je závislé na konkrétní ontologii a je plně automatické díky systému TORQue.