Detergenty jsou často používané pro izolaci a solubilizaci bílkovin. Jejich přítomnost je zásadní pro membránové proteinové protokoly nebo v proteomice lipidových raftů.
Nicméně, obvykle jsou špatně slučitelné s hmotnostní spektrometrií. Existuje několik různých protokolů na přípravu vzorků, které jsou běžně používané, ale jsou buď pracné, nebo náročné na ztráty vzorku.