1. Teorie elektromigrace - síly působící při elektromigraci, elektroforetická mobilita, vliv iontové síly, vliv pH, relaxační efekt, elektroforetický efekt, elektroosmotický tok.

2. Účinnost separace - praktické dopady nízké/vysoké účinnosti na výsledky analýzy, model teoretických pater, vyjádření účinnosti, příspěvky k rozšiřování zón (difúze, délka zóny vzorku, Jouleovo teplo, adsorpce na stěny, detekční cela, elektromigrační disperze).

3. Instrumentace - základní součásti přístroje, separační kapiláry, proud a jeho stabilita, dávkování vzorku, techniky zakoncentrování analytů zesílením pole, detekce (přímá a nepřímá UV/VIS, fluorescenční, bezkontaktní vodivostní, systémové píky), separace na krátkém konci kapiláry, frekvence sběru dat.

4. Separační módy I
Kapilární zónová elektroforéza (CZE) - separační mechanismus, volba základního elektrolytu, jeho pH a iontové síly, úprava směru a rychlosti elektroosmotického toku, dynamické a permanentní pokrytí kapiláry. Micelární elektrokinetická chromatografie (MEKC) - separační mechanismus, micely jako pseudostacionární fáze, eluční okno, tenzidy používané v MEKC. Kapilární elektrochromatografie (CEC) - separační mechanismus, stacionární fáze, elektroosmotický tok, srovnání s kapalinovou chromatografií.

5. Separační módy II
Kapilární gelová elektroforéza (CGE) - separační mechanismus, fyzikální a chemické gely pro CGE, sekvenování DNA, Sangerova metoda. Kapilární isoelektrická fokusace (CIEF) - separační mechanismus, tvorba gradientu pH, mobilizace systému. Kapilární isotachoforéza (CITP) - separační mechanismus, vedoucí a koncový elektrolyt, samozaostřující efekt, specifika experimentálního záznamu v ITP, využití přechodného isotachoforetického efektu pro zakoncentrování analytů v CZE. Kapilára jako mikroreaktor - provádění enzymových reakcí a derivatizace analytů v kapiláře. Elektroforetické a difuzní mísení zón.