Sylabus:
1. Cyklus vody v biosféře a rozložení vody na Zemi: Hydrologický cyklus (malý a velký koloběh vody, evapotranspirace, povrchový a podzemní odtok, bilance vody v povodí). Základní fyzikální a chemické vlastnosti vody (struktura, hustota vody, viskozita, specifické teplo), termohalinní cirkulace, původ a geomorfologie jezer, trofie a zonace jezer.
2. Distribuce světla a tepla ve vodách, distribuce kyslíku, turbidita, uhličitanový systém: Distribuce světla ve vodách (vlastnosti dopadajícího záření, odraz, absorpce, rozptyl, trofogenní a trofolytická vrstva), distribuce tepla ve vodách (termální stratifikace, sezónní změny), plyny ve vodě, Henryho zákon, distribuce O₂(rozpustnost O₂, kyslíkové křivky, summerkill), turbidita, uhličitanový systém.
3. Cykly biogenních prvků - C, N, P: Význam, formy a distribuce P, cyklus P. Význam, formy, cyklus N a jeho fixace, amonifikace, nitrifikace a denitrifikace, vliv O₂ na koloběh dusíku, limitace N a P, Redfield ratio. Význam uhlíku, koloběh C, CH₄.

Struktura společenstev, ekologické funkce a trofické interakce ve stojatých vodách
4. Společenstva stojatých vod – fytoplankton: Složení společenstva, velikostní složení planktonu. Faktory ovlivňující složení společenstva - abiotické podmínky, predační tlak, bakterie, viry. Stokesovo pravidlo. Trade-off, r- a K-strategie, živiny, Redfieldův poměr. Sezónní sukcese fytoplanktonu, paradox planktonu.
5. Společenstva stojatých vod – zooplankton: Prostorové členění stojatých vod, společenstva, struktura potravní sítě, mikrobiální smyčka, hlavní skupiny zooplanktonu – zástupci, charakteristika, rozmnožování. Top-down, bottom-up efekt, PEG model.
6. Bakterioplankton a detrit, formy uhlíku ve vodách: Zdroje organických látek ve vodách (alochtonní, autochtonní), organický uhlík, POC, DOC, dekompozice detritu bakteriemi a houbami. Distribuce bakterioplanktonu, faktory ovlivňující růst a rozvoj baktrioplanktonu. Složení organických látek, rozklad DOC a POC ve vodách, rozklad huminových látek.
7. Litorální a mokřadní společenstva, makrofyta, bentos a ryby stojatých vod: Litorál, mokřady, produkce organických látek. Vodní rostliny. Bentos stojatých vod.

Struktura společenstev, ekologické funkce a trofické interakce v tekoucích vodách
8. Tekoucí vody – podmínky: Rychlost proudění, průtokový režim, obsah a transport látek, vliv využití krajiny. Říční ekosystém a jeho interakce s terestrickými ekosystémy. Říční kontinuum, řády toku, koryto toku, transport sedimentu, eroze.
9. Tekoucí vody – společenstva: Bentos – složení společenstva, fyziologické a morfologické adaptace, trofické interakce, funkční skupiny. Rybí pásma, změny společenstev v podélném profilu, diurnální a sezónní změny.
10. Ochrana vod - degradace vodních ekosystémů, směrnice o vodách: Hlavní typy degradace vodních ekosystémů, biomonitoring, index biotické integrity, Rámcová směrnice o vodách (WFD), ekologický stav toků, BQE. Vliv klimatických změn na vodní ekosystémy.
11. Acidifikace – účinky kyselého deště na lesní a vodní ekosystémy: Antropogenní acidifikace: účinky kyselého deště na lesní a vodní ekosystémy. Emise a dekompozice okyselujících sloučenin, pH srážek. Vliv depozice S a N na půdy a vodní ekosystémy. Zotavení z acidifikace.
12. Eutrofizace - příčiny a důsledky: Typické živiny v procesu eutrofizace a jejich zdroje. Průběh eutrofizace a její důsledky, vliv využití území na množství živin ve vodách. Oligotrofní a eutrofní systémy, kyslíkové křivky. Eutrofizace rybníků.